小智和索罗亚结伴前行,哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件,雷公、炎帝和水君本是城市的守护神,却不知为何向市民们发起了进攻,城市之中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯(阵内孝则 配音)的企业家,而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。